Основната функция на системата за хидротермално управление е да поддържа топлинния баланс на системата с горивни клетки, да възстановява излишната топлина и да извършва спомагателно отопление, когато системата с горивни клетки е стартирана, за да гарантира, че вътрешността на купчината с горивни клетки може бързо да достигне подходящ температурен диапазон и да се гарантира, че катодът е в най-добрата работна зона от двете страни на анода.
Системата за управление на топлината на водата се състои главно от електронен термостат, електронна водна помпа, радиатор, дейонизатор и разширителен съд.
Функцията на електронния термостат е да регулира водния поток на голямата и малката циркулация в охладителната система чрез регулиране на отвора, така че да се постигне прецизен контрол на температурата.